コード

MakeBitmapに保存したい要素とその要素の親Canvasを渡してBitmapSourceを作成
SaveBitmapToPngにBitmapSourceと保存先フルパスを渡して完了

/// <summary>
/// Canvas上に配置された要素をBitmap画像に変換する。
/// 要素の座標が0,0以外、回転などの変換がされていても正しく変換する。
/// ただし、ActualWidthとActualHeightに数値が入っていない要素の場合はできない。
/// </summary>
/// <param name="element">対象要素</param>
/// <param name="parentCanvas">対象要素の親Canvas</param>
/// <returns></returns>
private BitmapSource MakeBitmap(FrameworkElement element, Canvas parentCanvas)
{
    //対象要素がピッタリ収まるRect取得
    Rect bounds = element.TransformToVisual(parentCanvas)
                         .TransformBounds(
        new Rect(0, 0, element.ActualWidth, element.ActualHeight));
    VisualBrush brush = new(element) { Stretch = Stretch.None };
    DrawingVisual dv = new();
    using (var context = dv.RenderOpen())
    {
        context.DrawRectangle(brush, null, new Rect(bounds.Size));
    }
    RenderTargetBitmap bitmap 
        = new((int)bounds.Width, (int)bounds.Height, 96, 96, PixelFormats.Pbgra32);
    bitmap.Render(dv);
    return bitmap;
}

/// <summary>
/// BitmapSourceをpngファイルにする
/// </summary>
/// <param name="bitmap">保存する画像</param>
/// <param name="filePath">保存先パス(拡張子も付けたフルパス)</param>
private void SaveBitmapToPng(BitmapSource bitmap, string filePath)
{
    PngBitmapEncoder encoder = new();
    encoder.Frames.Add(BitmapFrame.Create(bitmap));
    using (var stream = File.Open(filePath, FileMode.Create))
    {
        encoder.Save(stream);
    }
}

結果確認

配置構造

Canvas (MyCanvas、薄桃色)
- Rectangle
- Rectangle (MyRectangle2、回転した角丸四角形)
- Canvas (MyCanvas2、トマト色)
  - Rectangle
  - Rectangle

保存する要素は3つ、MyCanvas、MyRectangle2、MyCanvas2

スクロールバーで見えない部分も保存されている

Canvasの中のCanvasも正しく保存された

回転されている要素も余白部分は透明になって正しく保存された
実際のサイズは

MyRectangle2自体のサイズは100x50だけど、回転しているのでそれがピッタリ収まるサイズに変更されて実際は110x78になっていた
回転以外も拡大表示された要素でもできるはず

コード全体

github.com

MainWindow.xaml

<Window x:Class="_20230101_ElementToPngFile.MainWindow"
        xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
        xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
        xmlns:d="http://schemas.microsoft.com/expression/blend/2008"
        xmlns:mc="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006"
        xmlns:local="clr-namespace:_20230101_ElementToPngFile"
        mc:Ignorable="d"
        Title="MainWindow" Height="250" Width="600">
  <Grid>
    <Grid.ColumnDefinitions>
      <ColumnDefinition/>
      <ColumnDefinition Width="200"/>
    </Grid.ColumnDefinitions>
    <ScrollViewer HorizontalScrollBarVisibility="Visible">
      <Canvas Name="MyCanvas" UseLayoutRounding="True" Width="400" Height="300"
            HorizontalAlignment="Left" VerticalAlignment="Top" Background="MistyRose">
        <Rectangle Name="MyRectangle1" Width="50" Height="50"
                   Fill="Gold" Stroke="tomato "
                   Canvas.Left="20" Canvas.Top="10"/>
        <Rectangle Name="MyRectangle2" Width="100" Height="50"
                   Fill="Gold" Stroke="Tomato"
                   Canvas.Left="100" Canvas.Top="100" RadiusX="10" RadiusY="10"
                   RenderTransformOrigin="0.5,0.5">
          <Rectangle.RenderTransform>
            <TransformGroup>
              <RotateTransform Angle="18"/>
            </TransformGroup>
          </Rectangle.RenderTransform>
        </Rectangle>
        <Canvas Name="MyCanvas2" Canvas.Left="100" Canvas.Top="10" Background="Tomato"
                Width="200" Height="50">
          <Rectangle Fill="Orange" Stroke="White" Width="100" Height="20"
                     Canvas.Left="0" Canvas.Top="0"/>
          <Rectangle Fill="Orange" Stroke="White" Width="100" Height="20"
                     Canvas.Left="100" Canvas.Top="30"/>
        </Canvas>
      </Canvas>
    </ScrollViewer>
    <StackPanel Grid.Column="1">
      <Button Content="save" Click="Button_Click"/>
      <Button Content="saveCanvas" Click="Button_Click_1"/>
      <Button Content="saveCanvas2" Click="Button_Click_2"/>

    </StackPanel>
  </Grid>
</Window>

MainWindow.xaml.cs

using System.Windows;
using System.Windows.Controls;
using System.Windows.Media;
using System.Windows.Media.Imaging;
using System.IO;

namespace _20230101_ElementToPngFile
{
    public partial class MainWindow : Window
    {
        public MainWindow()
        {
            InitializeComponent();
        }
        /// <summary>
        /// 要素をBitmap画像に変換する。だたし、
        /// 要素の座標が0,0以外だった場合はできない。
        /// 回転などの変換がされていた場合もできない。
        /// ActualWidthとActualHeightに数値が入っていない場合もできない。
        /// スクロールバーなどで全体が表示されていないときもでいない。
        /// </summary>
        /// <param name="element"></param>
        /// <returns></returns>
        private BitmapSource MakeBitmap(FrameworkElement element)
        {
            RenderTargetBitmap bitmap = new((int)element.ActualWidth,
                                            (int)element.ActualHeight,
                                            96,
                                            96,
                                            PixelFormats.Pbgra32);
            bitmap.Render(element);
            return bitmap;
        }

        /// <summary>
        /// Canvas上に配置された要素をBitmap画像に変換する。
        /// 要素の座標が0,0以外、回転などの変換がされていても正しく変換する。
        /// ただし、ActualWidthとActualHeightに数値が入っていない要素の場合はできない。
        /// </summary>
        /// <param name="element">対象要素</param>
        /// <param name="parentCanvas">対象要素の親Canvas</param>
        /// <returns></returns>
        private BitmapSource MakeBitmap(FrameworkElement element, Canvas parentCanvas)
        {
            //対象要素がピッタリ収まるRect取得
            Rect bounds = element.TransformToVisual(parentCanvas)
                                 .TransformBounds(
                new Rect(0, 0, element.ActualWidth, element.ActualHeight));
            VisualBrush brush = new(element) { Stretch = Stretch.None };
            DrawingVisual dv = new();
            using (var context = dv.RenderOpen())
            {
                context.DrawRectangle(brush, null, new Rect(bounds.Size));
            }
            RenderTargetBitmap bitmap 
                = new((int)bounds.Width, (int)bounds.Height, 96, 96, PixelFormats.Pbgra32);
            bitmap.Render(dv);
            return bitmap;
        }

        /// <summary>
        /// BitmapSourceをpngファイルにする
        /// </summary>
        /// <param name="bitmap">保存する画像</param>
        /// <param name="filePath">保存先パス(拡張子も付けたフルパス)</param>
        private void SaveBitmapToPng(BitmapSource bitmap, string filePath)
        {
            PngBitmapEncoder encoder = new();
            encoder.Frames.Add(BitmapFrame.Create(bitmap));
            using (var stream = File.Open(filePath, FileMode.Create))
            {
                encoder.Save(stream);
            }
        }

        private void Button_Click(object sender, RoutedEventArgs e)
        {   
            SaveBitmapToPng(MakeBitmap(MyRectangle2, MyCanvas), "E:element.png");
            //SaveBitmapToPng(MakeBitmap(MyRectangle1, MyCanvas), "E:elementImage.png");
        }

        private void Button_Click_1(object sender, RoutedEventArgs e)
        {
            SaveBitmapToPng(MakeBitmap(MyCanvas,MyCanvas), "E:Canvas.png");
            //SaveBitmapToPng(MakeBitmap(MyCanvas), "E:Canvas.png");
        }

        private void Button_Click_2(object sender, RoutedEventArgs e)
        {
            SaveBitmapToPng(MakeBitmap(MyCanvas2,MyCanvas), "E:Canvas2.png");
        }
    }
}

注意したいのはActualWidthとActualHeightに数値が入っていないと正しく保存されないってところ
CanvasはWidthとHeightを指定しないとActualWidthとActualHeightはNaNのままなので、Canvas自体を保存したいときは、あらかじめWidthとHeightを指定しておく必要がある

今回は使っていない簡易バージョン

/// <summary>
/// 要素をBitmap画像に変換する。だたし、
/// 要素の座標が0,0以外だった場合はできない。
/// 回転などの変換がされていた場合もできない。
/// ActualWidthとActualHeightに数値が入っていない場合もできない。
/// スクロールバーなどで全体が表示されていないときもでいない。
/// </summary>
/// <param name="element"></param>
/// <returns></returns>
private BitmapSource MakeBitmap(FrameworkElement element)
{
    RenderTargetBitmap bitmap = new((int)element.ActualWidth,
                                    (int)element.ActualHeight,
                                    96,
                                    96,
                                    PixelFormats.Pbgra32);
    bitmap.Render(element);
    return bitmap;
}